Icke uttömmande lista.
 
Eutrofiering är ett betydande problem i Östersjön, orsakat av överskott av näringsämnen från olika källor, inklusive jordbruk, avloppsvatten och industrier. Detta leder till överdriven algspridning som tömmer syre i vattnet, vilket påverkar den marina floran och faunan.
.
Havsföroreningar kopplade till industri och sjötransport, vilket leder till utsläpp av skadliga ämnen som kolväten och tungmetaller, vilket kräver strikt hantering och strängare miljöstandarder för att minimera dessa effekter.
 
Plastföroreningar i Östersjön, till följd av att plastavfall sköljs ut i floder och hotar det marina djurlivet. Åtgärder för att minska plast vid källan, tillsammans med återvinning och medvetenhet, behövs för att komma till rätta med detta problem.
 
Försurning av Östersjön på grund av ökade koldioxidutsläpp, skadliga för marina organismer och biologisk mångfald, vilket lyfter fram vikten av att minska CO2-utsläppen.
 
Förorening av kustvatten orsakad av sjöfart och hamnverksamhet, med bränsleutsläpp, oavsiktliga utsläpp och avloppsvatten. Renare hamnpraxis och förebyggande åtgärder är avgörande för att mildra dessa effekter.
 
Försämring av kustnära ekosystem på grund av oreglerat byggande, skador på känsliga naturliga livsmiljöer, som kräver hållbar stadsplanering och strikta miljöbestämmelser.
 
Kemisk förorening från industriell verksamhet som orsakar utsläpp av tungmetaller, industrikemikalier och giftiga ämnen i vatten. Det är nödvändigt att stärka miljöbestämmelserna och bearbeta industriavfall för att minska denna förorening.
 
Olje- och gasaktiviteters inverkan på marina ekosystem, med oljeläckor och oljeutsläpp som orsakar skador på marina livsmiljöer och biologisk mångfald, vilket kräver höga säkerhetsstandarder och katastrofinsatser.
 
Överfiske är en ytterligare utmaning som hotar de marina resursernas hållbarhet. Överexploatering av fiskbestånd och andra marina arter kan leda till ekologiska obalanser, minskade fiskpopulationer och negativa ekonomiska och sociala konsekvenser för samhällen som är beroende av fiske. Att bekämpa överfiske kräver effektiv kvotförvaltning, skydd av marina områden och främjande av hållbara fiskemetoder för att bevara marina ekosystem på lång sikt.